痛经的原因有两种，一种是生殖器官未器质性病变的痛经称作“原发痛经”。原发性痛经通常发生于未婚、未孕的女性，一般对生育没有影响。
由于生殖器官病变引起的痛经，称作“继发痛经”，即病理性痛经。其病因较复杂，子宫内膜异位症、子宫腺肌症、子宫肌瘤、子宫内膜息肉、子宫腔粘连、残角子宫、盆腔炎症（急性、慢性）、子宫颈狭窄、处女膜无孔、阴道横隔等都可能引发痛经，需要进行系列的检查才可以确定原因。
许多人的例假疼痛是病理性痛经，非但不会在婚后减轻，相反还不断加重，而最终除了被疼痛影响正常生活外，更可能侵犯其他器官，并导致不孕症。
而有些从少女时代就开始痛经的女性，常常自己吃药处理，却不知随着年龄的增长，她的痛经很可能已经性质改变，从一般的生理原因变成了疾病，浑然不觉中延误了就诊和治疗，直到因为不孕症接受治疗时才发现，结果痛苦增加，治疗难度也加大了。
