肾结石的治疗方法包括了保守治疗、体外冲击波碎石治疗以及手术治疗。
保守治疗主要适合于直径小于0.6cm的结石，并且没有发生尿路梗阻的患者。
体外冲击波碎石适用于直径小于2.0cm的结石，并且结石停留时间短、无肾积水的患者。
当结石已经引起尿路梗阻，并且已影响了肾功能或者经过非手术疗法无效，又无体外冲击波碎石条件者，应当要考虑手术治疗，包括：传统的开刀手术、经皮肾镜碎石取石术、输尿管软镜下钬激光碎石术。这当中最常用的是经皮肾镜碎石取石术，通俗而言，就是在肾脏上面钻一个小洞，建立一个通道，从这个通道中将肾内的结石击碎，变成细小的碎片，然后再通过这个通道将碎片取出。这种方法对肾脏是一种损伤，而且并发症多，但是巨大肾脏结石处理仍有优势。
输尿管软镜下碎石是指不用在患者肾脏上面“打孔”，而是通过人体自然通道（尿道、膀胱、输尿管）进入肾脏内，接着通过可以完全弯曲的输尿管软镜在肾脏内全方位寻找结石，然后运用有强大功能的钬激光碎石系统将结石击碎成粉末状，与此同时将结石冲走的方法。由于其头部可270°弯曲，几乎能到达肾脏的每个角落。相对于体外冲击波碎石的碎石成功率不高，经皮肾镜碎石取石术的风险较大，输尿管软镜以其微创、安全和有效的特点在输尿管上段结石、肾结石治疗中起到越来越重要的作用。
