巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，巧克力囊肿在绝经的时候会自动终结。巧克力囊肿听起来很美，实际上是种非常折磨人，又不太好治的妇科病。一旦患上巧克力囊肿，就会长期受罪。每个月来一次月经，异位到卵巢内的子宫内膜也出血而引起剧烈的痛经。一些没有生过孩子的女性还会因此而不孕。
但巧克力囊肿患者绝大多数是30岁左右的女性，也就是说巧克力囊肿患者不治疗的话要忍受20多年的痛苦，所以，女性要做好巧克力囊肿的预防工作，如果是患者要积极地治疗巧克力囊肿。
一般来说不会引起停经的，巧克力囊肿最明显的症状就是月经来的时候疼的厉害，月经期长。卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多，压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。经过若干时间后，囊内积血再次增多。压力再次增大时，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛。并可造成盆腔器官的粘连。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发破裂，粗暴或剧烈的性生活，尤其是经前期性生活，常是常见的导致囊肿破裂的重要诱因。
较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿的药物治疗效果差，难以消除巧克力囊肿。当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，它长到一定大小，自发破裂常难以避免，因此，它的确是藏在盆腔内的炸弹，说不定何时会发生爆炸。
