子宫内膜异位症的治疗应根据病人的年龄、对生育的要求、症状、病变部位与范围以及有无合并症等，综合分析，确定治疗方法。治疗包括药物、手术及放射疗法等。对有生育要求的年轻妇女，尽量采用药物治疗或保守性手术；对年龄大、无生育要求的妇女可行全子宫及双附件切除术。
（1）药物治疗；主要是激素疗法和中药疗法。因为异位内膜对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗已成为本病的重要治疗方法。性激素治疗主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。经过性激素治疗后有一部分病人的症状可缓解，也有的病人经治疗后妊娠。但性激素类药物如常有不同程度的副反应，如食欲减退、恶心、肝功能不正常等，停药后可以消失。也有些病人长期使用后，疗效不够稳定，且停药后容易复发。因此性激素治疗应当在医生指导下应用。目前常用的性激素有雄激素、孕激素、雌激素、丹那唑等。
中药疗法主要是运用中医中药活血化瘀，通络散结，疏肝理气、止痛之功效，起到治本的作用，如纯中药制剂“桂苓消瘤丸”是针对于子宫内膜异位症病因的用药，尤其在缓解子宫内膜异位症所导致的进行性加重的痛经方面效果尤佳，它可以促进子宫内膜的血液循环，使内膜逐渐恢复正常功能，异位的子宫内膜消失，增生的组织逐渐变软，最后消散，使病人免除了手术之苦和手术带来的副作用。
（2）手术治疗：经药物治疗无效，病变严重或症状严重者，应考虑手术治疗。手术可分为保守性、根治性和半保守性3种。保守性手术：主要是切除患侧卵巢或剥除卵巢内膜异位囊肿，分离盆腔粘连，清除盆腔病灶，保留生育机能。这种手术多用于年轻和要求生育的病人。
根治性手术：包括全子宫、双附件及盆腔病灶切除。主要用于年龄较大的近绝经期的病人。 半保守性手术；就是切除子宫或子宫病灶，切除盆腔病灶，保留一侧或双侧卵巢。保守性或半保守性手术因为保留了卵巢，所以病变可能复发，甚至要再次手术。这些病人通常在保守性手术后，要用性激素治疗一段时间。
专家提醒，子宫内膜异位治疗原则上症状轻微者采用期待疗法，尤其有生育要求且病情轻、中度者可先用药物保守治疗，病变严重的年轻患者行保留卵巢、子宫的保守手术，千万别轻易将子宫、卵巢切除。
