1、不孕：约有50%左右患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，约30%-40%患有子宫内膜异位，常因病变造成盆腔肿块等因素引起。
2、痛经：临床特征为渐进性痛经，多为继发性，有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药止痛，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失。
3、周期性直肠刺激症状：直肠、肛门、外阴部坠胀、坠痛、里急后重感和大便次数增多。
4、月经不调：患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。
5、性交痛：当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底时，均可产生性交痛。
6、周期性膀胱刺激症状：当病变累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌层时，会同时出现经期尿急、尿频等症状。若病变侵犯膀胱黏膜（膀胱子宫内膜异位症）则有周期性血尿和疼痛。
7、经期或行经前后的急腹症：一般为卵巢子宫内膜囊肿，有穿破的特点，多数患者因卵巢囊肿扭转或宫外孕而急诊手术。
8、周期性下腹不适：本症状的出现率高于痛经，无痛经的内异症患者常存在于本症状。出现于轻症患者，或某些病变虽较重但由于痛阈的个性差异或其他原因的患者。
9、腹壁疤痕及脐部的子宫内膜异位症则出现周期性局部肿块及疼痛。
10、在子宫直肠窝、子宫骶韧带或宫颈后壁常可触及1-2个或更多硬性小结节，如绿豆或黄豆大小，多有明显的触痛，肛诊更为明显。
