最常见的子宫内膜异位症所影响的器官有：卵巢、子宫后壁、子宫直肠凹陷部位、子宫颈、直肠、腹膜、尿道、膀胱、会阴、输卵管、腹壁、胸部、手臂、腿部、中枢神经系统。
事实上子宫内膜异位症除了脾脏外，在身体的各个部位都有可能存在。多数位于卵巢、宫骶韧带、子宫下部后壁浆膜层以及直肠陷凹、乙状结肠的腹膜层和阴道直肠膈。其中以侵犯卵巢者最常见，约占80%。也可见于宫颈，会阴侧切，或腹壁手术切口等处。脐、肺及四肢等均可发病，但很罕见。该病在形态学上属良性，但它具有播散、种植、侵袭或转移等类似恶性肿瘤的行为。病变范围的大小可以相差悬殊，临床症状往往与病变程度不平行。
