遗传和家族因素。遗传因素和家族因素是主要卵巢囊肿的病因之一，约30%-50%卵巢囊肿患者的直系亲属中有肿瘤患者。
长期的饮食结构，生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，成为卵巢囊肿的病因，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿，甚至癌变。
环境因素。工业发达国家及上层社会妇女卵巢癌发病率高，可能与饮食中高胆固醇有关。另外，电离辐射及石棉、滑石粉会影响卵母细胞而增加诱发卵巢囊肿的机会，吸烟及维生素A、C、E的缺乏也可能与发病有关。
卵巢囊肿还多发生在未产妇或未生育妇，妊娠对卵巢囊肿似有对抗作用，认为每日排卵所致卵巢表层上皮细胞反复破损与卵巢囊肿发生有关。
另外，卵巢囊肿的病因还有乳腺癌、子宫内膜癌多并发卵巢囊肿，此三种疾病都对此激素有依赖性，也是造成女士卵巢囊肿的原因。
